Reprezentacija

Godine 2002. Eduardo je uzeo hrvatsko državljanstvo. Uslijedio je poziv u nacionalnu U-21 postavu, gdje je bio nezamjenjiv. 16.studenog 2004. debitirao je u A-selekciji protiv Irske, ušavši kao zamjena. Također je nastupio i na Carlsberg Cupu 2006. u Hong Kongu, gdje je domaćinima postigao gol u utakmici za 3. mjesto, što je ujedno bio i njegov prvijenac u kockastom dresu.

"Ovdje se osjećam kao kod kuće i tako me svi i tretiraju. Hrvatskoj moram zahvaliti na svemu što sam postigao i u karijeri i u životu", iskreno je rekao Eduardo da Silva, nakon poziva u reprezentaciju Hrvatske uoči utakmice s Brazilom. Također je skromno dodao: "Drago mi je da sam se upoznao sa svim brazilskim igračima, dobio sam od njih dres na poklon s potpisima svih igrača."^[5]

Nakon propuštenog SP u Njemačkoj, pod novim je izbornikom Slavenom Bilićem Eduardo došao do mjesta među prvih 11. Zaigrao je tako 16. kolovoza 2006. u Livornu protiv rezervnih igrača Italije, te postigao pogodak u pobjedi 2:0. Protiv Rusije je u Moskvi odigrao svoju prvu natjecateljsku utakmicu u dresu Hrvatske. 11. listopada 2006. postigao je važan pogodak za 1:0 u utakmici protiv Engleza u Maksimiru (pobjeda 2:0) koji ga je definitivno učvrstio u prvoj postavi te skrenuo pozornost brojnih skauta velikih europskih klubova. U narednim je utakmicama sa Izraelom, Makedonijom i Estonijom, bilo kod kuće ili u gostima, zabijao i rješavao susrete u korist hrvatske reprezentacije postavši jedan od najboljih strijelaca tih kvalifikacija.

Golovi za reprezentaciju

#	Datum	Stadion	Protivnik	Gol	Rezultat	Natjecanje
01.	1. veljače, 2006	Hong Kong Stadium, Hong Kong	Hong Kong	0 – 3	0 – 4	Carlsberg Cup
02.	16. kolovoza, 2006	Stadio Armando Picchi, Livorno, Italija	Italija	0 – 1	0 – 2	Prijateljska
03.	11. listopada, 2006	Maksimir, Zagreb, Hrvatska	Engleska	1 – 0	2 – 0	Kvalifikacije za EURO 2008.
04.	15. studenog, 2006	Ramat Gan Stadion, Ramat Gan, Izrael	Izrael	1 – 2	3 – 4	Kvalifikacije za EURO 2008.
05.	15. studenog, 2006	Ramat Gan Stadion, Ramat Gan, Izrael	Izrael	1 – 3	3 – 4	Kvalifikacije za EURO 2008.
06.	15. studenog, 2006	Ramat Gan Stadion, Ramat Gan, Izrael	Izrael	2 – 4	3 – 4	Kvalifikacije za EURO 2008.
07.	24. ožujka, 2007	Maksimir, Zagreb, Hrvatska	Makedonija	2 – 1	2 – 1	Kvalifikacije za EURO 2008.
08.	2. lipnja, 2007	A. Le Coq Arena, Tallinn, Estonija	Estonija	0 – 1	0 – 1	Kvalifikacije za EURO 2008.
09.	22. kolovoza, 2007	Koševo, Sarajevo, Bosna i Hercegovina	Bosna i Hercegovina	0 – 1	3 – 5	Prijateljska
10.	8. rujna, 2007	Maksimir, Zagreb, Hrvatska	Estonija	1 – 0	2 – 0	Kvalifikacije za EURO 2008.
11.	8. rujna, 2007	Maksimir, Zagreb, Hrvatska	Estonija	2 – 0	2 – 0	Kvalifikacije za EURO 2008.
12.	12. rujna, 2007	Estadi Comunal, Andorra la Vella, Andora	Andora	0 – 5	0 – 6	Kvalifikacije za EURO 2008.
13.	13. listopada, 2007	Maksimir, Zagreb, Hrvatska	Izrael	1 – 0	1 – 0	Kvalifikacije za EURO 2008.