Posudbe i karijera u Dinamu

Da Silva je karijeru započeo u rodnom Brazilu, u klubu CBF Nova Kennedy. Kao petnaestogodišnjaka uočili su ga skauti zagrebačkog Dinama te je prešao u juniore tog kluba. Godine 1999. i 2000. bio je nakratko na posudbi u brazilskom Bangu, a nakon toga u zaprešićkom Interu, gdje je u 15 utakmica postigao 10 pogodaka. Time je po prvi put skrenuo na sebe pozornost nogometne javnosti, a i čelnika Dinama, jer je po povratku s posudbe postao standardni član prve momčadi postigavši 9 golova u 24 utakmice. Igrao je redovito i narednih sezona te bilježio sve bolje rezultate. Sezone 2005./06. s 20 postignutih golova u 29 utakmica bio je drugi najbolji strijelac lige, nakon klupskog mu suigrača Ivana Bošnjaka, ali i najbolje ocjenjeni igrač. No, iako je i prijašnjih godina bio među najboljim igračima lige, nije putovao na SP 2006. Tadašnji izbornik Zlatko Kranjčar je prednost dao drugim igračima što mu Eduardo i danas zamjera.

Sezone 2006./07. Eduardo je naprosto briljirao u Dinamovoj momčadi i s 34 pogodaka oborio rekord u postignutim golovima u jednoj sezoni, došavši do Top 10 strijelaca HNL-a ikad. Rekord je do tada držao Goran Vlaović s 29 postignutih pogodaka iz 1993./94.. Iste je sezone postao prvi i jedini igrač koji je od 1992. postigao hat-trick na utakmici vječnog derbija protiv Hajduka (3:0 na Maksimiru 19. svibnja 2007.), a isti taj dan sa 7 golova postao je najbolji strijelac svih derbija od osamostaljenja Hrvatske.